Nació en Aljustrel, Fátima, el 11 de Junio de 1908. Fue bautizado el 20 de Junio de 1908. Cayó victima de la neumonía en Diciembre de 1918 y falleció en Aljustrel a las 22 horas del día 4 de Abril de 1919.

Fecha de beatificación: 13 de mayo de 2000 por el Papa Juan Pablo II.

Hijos de Olímpia y Manuel Marto, Jacinta y Francisco eran niños típicos del Portugal rural de la época. No frecuentaron la escuela, y trabajaban como pastores en conjunto con su prima Lucía. De acuerdo con las memorias de Lucía, Francisco era un muchacho muy tranquilo, le gustaba la música, y era muy independiente en las opiniones. Jacinta era más afectiva y muy mimada, pero emocionalmente más frágil.

En la secuencia de las apariciones, el comportamiento de los dos hermanos se alteró. Francisco prefería rezar solo, como decía «para consolar a Jesús por los pecados del mundo». Jacinta se quedó aterrada por una visión del Infierno supuestamente ocurrida en la tercera aparición. Se quedó obcecada por la idea de salvar tantos pecadores como fuera posible a través de la penitencia y el sacrificio, como pedía la Virgen María.

Sus restos mortales quedaron sepultados en el cementerio parroquial de Fátima hasta el día 13 de marzo de 1952, fecha en que fueron trasladados para la Basílica de Cova da Iria (lado derecho según se entra).

Su gran preocupación era la de “consolar a Nuestro Señor”. El Espíritu de amor y reparación para con Dios ofendido, fueron notables en su vida tan corta. Pasaba horas “pensando en Dios”. Según su historia, el pequeño Francisco pasaba largas horas “pensando en Dios”, por lo que siempre fue considerado como un contemplativo.

Su precoz vocación de eremita fue reconocida en el decreto de heroicidad de virtudes, según el que después de las apariciones “se escondía detrás de los árboles para rezar solo; otras veces subía a los lugares más elevados y solitarios y ahí se entregaba a la oración tan intensamente que no oía las voces de los que lo llamaban”.

Los tres niños, particularmente Jacinta y Francisco, practicaron mortificaciones y penitencias. Es posible que prolongados ayunos les hicieran adelgazar hasta el punto de que los hermanos Jacinta y Francisco sucumbieran a la epidemia de la gripe española que barrió Europa en 1918. Francisco murió en casa en 1919. Jacinta, que sufría de pleuresía y no podía ser anestesiada debido al mal estado de su corazón, fue asistida en varios hospitales, falleciendo el 20 de febrero de 1920, sola, en un hospital. Francisco y su hermana Jacinta fueron beatificados por el papa Juan Pablo II el 13 de mayo de 2000.